Eine der schillerndsten und widersprüchlichsten Gestalten in der Geschichte Ioanninas ist zweifellos die des Machthabers Ali Pascha, der die Stadt von 1788 bis 1820 beherrschte.
Der 1744 in Tepelena im Nordepirus geborene Albaner war Sohn eines Paschas. Nach dem Tod seines Vaters gewann er nach langen Kämpfen die seinem Vater entrissenen Besitzungen zurück. 1787 ernannte ihn der osmanische Sultan wegen seiner Verdienste im Krieg gegen Russland und Österreich zum Pascha von Trikala. Von dort aus eroberte Ali Pascha 1788 Ioannina und machte es zur Hauptstadt seines Reiches, das der Hohen Pforte zwar Tribut zollte, sonst aber weitgehend unabhängig war.
Mit seiner zwiespältigen, aber auch charismatische Persönlichkeit beeindruckte Ali Pascha auch zahlreiche diplomatische Gesandtschaften und Reisende aus dem Westen, darunter Lord Byron. Einerseits konnte Ali Pascha sich charmant und liebenswürdig geben, andererseits zeigte er sich auch brutal und grausam. Von der eifersüchtigen Frau seines Sohnes überredet, ließ Ali Pascha beispielsweise die griechische Geliebte seines Sohnes, Kyra Phrosyni, zusammen mit sechzehn anderen jungen Griechinnen in Säcke stecken und im See von Ioannina ertränken.
Durch schlaue Taktik gelang es ihm in unterschiedlichsten Bündnissen immer wieder, die Großmächte Frankreich, England und Russland ebenso gegeneinander auszuspielen wie die unterschiedlichen Interessengruppen innerhalb des osmanischen Reiches. So konnte sich Ali Pascha lange Zeit seine faktische Unabhängigkeit von der Hohen Pforte sichern. Um 1810 beherrschte der Tyrann mit seiner großen Schar bewaffneter Kämpfer Südalbanien, den Epirus, Thessalien und Südwestmakedonien. Als Ali Pascha in seinem Expansionsdrang jedoch versuchte, sein Reich noch weiter auszudehnen und auch mit den Aufständischen der griechischen Unabhängigkeitsbewegung paktierte, fiel er bei der Hohen Pforte in Ungnade und wurde von Sultan Mahmud II geächtet. 1820 schickte der Sultan türkische Truppen nach Ioannina. Doch die Festung hielt über fünfzehn Monate der Belagerung stand. Schließlich wurde der achtzigjährige Ali Pascha am 5. Februar 1822 ins Agios-Panteleimonas-Kloster auf der Insel gelockt – angeblich um dort den türkischen Befehlshaber zu Unterhandlungen zu treffen. Stattdessen wurde er jedoch dort gefangen genommen und ermordet. Sein Kopf und die Köpfe seiner ebenfalls hingerichteten drei Söhne wurden nach Konstantinopel gebracht und zur „Warnung“ unter freiem Himmel aufgehängt.
Im Agios Panteleimon-Kloster ist heute eine sehenswerte Ali Pascha-Gedenkstätte eingerichtet in der auch der schönen Kyra Vasiliki gedacht wird, der es als Geliebte von Ali Pascha immer wieder gelang, den Despoten zugunsten ihrer unterdrückten Landsleute zu beeinflussen.
